La victoria del almirante Kirk sobre Khan y la creación del planeta Génesis son triunfos inútiles. Spock ha muerto y McCoy, inexplicablemente, se ha vuelto loco. Una visita de Sarek, el padre de Spock, revela algo sobrecogedor: McCoy está albergando en su cuerpo la esencia vital de Spock. Kirk trata de ayudar a sus amigos, secuestra el Enterprise y desafía la cuarentena impuesta por la Flota Estelar en Génesis. Pero los Klingon también descubren la existencia de Génesis y van al encuentro de Kirk en una cita que podría ser mortal.